Pour spécialiser ses réponses aux différents besoins propres à la population handicapée mentale, la Fondation Les Perce-Neige s’est organisée en secteurs et unités:
| Stimulation précoce d'enfants en âge pré-scolaire (0 à 6 ans) souffrant de handicap mental, troubles envahissants du développement (TED) ou troubles du comportement et accompagnement des familles | Service éducatif itinérant (SEI) | Secteur Enfance & Adolescence |
| Scolarisation en classes spécialisées et prestations thérapeutiques pour les enfants en situation de handicap mental ou polyhandicaps | Centre pédagogique : - CP-NE : unité de Neuchâtel - CP-CHX : unité de La Chaux-de-Fonds | |
| Scolarisation en classes spécialisées et prestations thérapeutiques pour les enfants souffrant de TED, troubles psychiques ou troubles apparentés | Centre pédago- thérapeutique (CPT) à Cressier | |
| Scolarisation individuelle intégrée avec soutien dans les classes ordinaires du canton pour les enfants en situation de handicap mental, TED ou troubles apparentés | Soutien pédagogique spécialisé (SPS) | |
| Accueil à temps partiel ou complet et accompagnement éducatif en hébergement pour des enfants en situation de handicap mental, TED ou troubles apparentés | Internat du Secteur E&A à Cressier | |
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| Intégration socioprofessionnelle individuelle en entreprise | ISPIE | Secteur des Ateliers |
| Intégration socioprofessionnelle en ateliers intégrés (en entreprise) | ATI | |
| Intégration socioprofessionnelle en ateliers urbains (industriels) | ATU | |
| Intégration socioprofessionnelle en ateliers spécialisés (industriels) | ATS | |
| Intégration socioprofessionnelle en ateliers de travail et d’activité (non industriels) | ATA | |
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| Accompagnement socio-éducatif en studio (dès l’été 2008) | Foyer urbain de Neuchâtel | Secteur de l’Hébergement |
| Accompagnement socio-éducatif en hébergement urbain sur le bas du Canton | Foyers urbains de Neuchâtel | |
| Accompagnement socio-éducatif en hébergement urbain du Val-de-Ruz | Foyers urbains de Dombresson | |
| Accompagnement socio-éducatif en hébergement urbain sur le haut du Canton | Foyers urbains de la Chaux-de- Fonds | |
| Accompagnement socio-éducatif en hébergement résidentiel | Foyers des Hauts- Geneveys | |
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| Accompagnement socio-éducatif de personnes sévèrement handicapées ou polyhandicapées dans un lieu adapté | Espace Perce- Neige Fleurier | Secteur des Foyers Occupationnels |
| Accompagnement socio-éducatif de personnes autistes | Groupe Appartement - Centre Perce-Neige Lignières | |
| Accompagnement socio-éducatif de personnes en situation de handicap mental éprouvant un besoin de continuité entre le cadre de vie et d'activité | Groupe Foyer - Centre Perce-Neige Lignières |
A ces quatre secteurs, il convient bien sûr de mentionner les secteurs et unités opérationnels purs de la Fondation, tels que ceux des finances, des ressources humaines, de l’administration, de l’hôtellerie, de la logistique et de l’intendance.